Alphadia Genesis følger et episk eventyr med Fray og etterforskningsteamet hans fra Archleign Kingdom mens de legger ut for å løse en mystisk drapssak i en nærliggende by. Etter litt innledende etterforskning får Fray og hans følgesvenner selskap av delegater fra Ghalzabine Kingdom.
Dette får spenningene til å bli høye, ettersom kongedømmene Archleign og Ghalzabine har delt et urolig forhold siden den klonesentriske "Energikrigen" 15 år før den felles etterforskningen.
Det venter vendinger når Fray og hans medetterforskere snart oppdager at det kan være mer enn man kan se i denne spesielle saken...