Alphadia Genesis fortæller om et episk eventyr, der involverer Fray og hans efterforskningshold fra Archleign Kingdom, da de sætter sig for at løse en mystisk mordsag i en nærliggende by. Efter nogle indledende undersøgelser får Fray og hans ledsagere følgeskab af delegerede fra Ghalzabine Kingdom.
Dette får spændingerne til at stige, da Archleign og Ghalzabine kingdoms har haft et problematisk forhold siden den klon-centrerede "Energy War" 15 år før den fælles efterforskning.
Vendinger og drejninger venter, da Fray og hans medundersøgere snart opdager, at der kan være mere i denne særlige sag, end øjet ser...